A resposta simples é que seus dados estão pelo menos tão seguros quanto se armazenados em qualquer servidor remoto, senão mais. Todos os dados são transferidos para computadores e dispositivos móveis usando camada de sockets segura [SSL] via WebDAV, IMAP ou HTTP.
Para quem tem dúvidas sobre os níveis de segurança adotados pela Apple no armazenamento de dados no iCloud, taí uma leitura recomendada. Vale notar que apenas emails e notas não ficam criptografados nos servidores, caso contrário seria bem mais complicado oferecer recursos como busca e acesso rápido. [Ars Technica]